O’zbekiston Respublikasi Prezidentining 10-noyabr 1998 ildagi 2107 PF sonli farmoniga asosan tashkil etilgan. 26-sentyabr 2000 yildan o’z faoliyatini boshlagan.
Respublika shoshilinch tibbiy yordam ilmiy markazi Qashqadaryo filiali O’zbekiston Respublikasi sog’liqni saqlash vazirligi tasarufida bo’lib, o’z faoliyatini O’zbekiston Respublikasi konstitutsiyasi, O’zbekiston Respublikasi Prezidentining farmonlari va qonunlari asosida tuzilgan yo’riqnomalari qonuniy va normativ dalolatnomalari asosida faoliyat ko’rsatadi.
Filial viloyat aholisi, mamlakatimiz fuqorolari va chet el fuqorolariga shoshilinch tibbiy yordam ko’rsatuvchi va tashkillashtiruvchi, davolash va ilmiy metodik muassasa hisoblanadi.